脊索動物門分為3個亞門,分別是尾索動物亞門、頭索動物亞門、脊椎動物亞門。脊索動物門是動物界最高等的一門,也是其發展得最成功的一類。其共同特征是在其個體發育全過程或某一時期具有脊索、背神經管和鰓裂。

脊椎動物亞門是動物界中數量最多,結構最復雜,進化地位最高的類群,形態結構彼此懸殊,生活方式千差萬別。
尾索動物是最低等的脊索動物,與高等脊索動物存在著演化上的親緣關系,兩者可能都是從類似海鞘幼蟲型營自由生活的共同祖先,原始無頭類動物演化而來。
頭索動物身體結構比較簡單,但脊索動物的典型結構已經具有,三大結構終生存在。根據形態學推測,脊索動物由一種左右不對稱,無圍腮腔、腮裂少、營自由生活的原始無頭類演化而來。
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