城市污水廠的流程依照需要的處理程度和經濟分析確定,通常區分為三級:一級處理采用沉淀法,懸浮固體和五日生化需氧量的去除率一般可達到60%和30%左右。二級處理采用水的生物處理法。三級處理進一步去除二級處理未處理的物質。

其中二級處理采用的水的生物處理法,其懸浮固體和五日生化需氧量的去除率一般均可達到90%左右,采用高負荷率活性污泥法時五日生化需氧量去除率在60%左右。
三級處理進一步處理難降解的有機物、氮和磷等能夠導致水體富營養化的可溶性無機物。
主要方法有生物脫氮除磷法、混凝沉淀法、砂濾法、活性炭吸附法、離子交換法等。