糧豆類食品的主要衛生問題包括瞭黴菌與黴菌毒素的污染、農藥的殘留、有毒有害物質的污染還有倉儲害蟲、雜物及摻偽,包含瞭掩蓋黴變、增白或是摻雜摻假以低質量食物冒充高質量的食物。
影響著糧豆類食品質量變化的主要因素有水分、溫度、地理位置、氧氣還有倉庫的結構等。
糧豆的表面常常會有真菌、細菌的污染,常見的細菌有馬鈴薯桿菌、乳酸桿菌、大腸桿菌還有谷草桿菌等。
糧豆類食品的農藥殘留可能來自於防治病蟲害與除草時直接使用的農藥,糧豆類食品有可能會通過水、土壤與空氣的途徑將污染的農藥吸收。
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